V tej šaljivi in vznemirljivi animirani pustolovščini spremljamo dogodivščine Vilija in Toma, ki sta izjemno glasbeno nadarjeni miši. Po naključju izvesta, da se bliža vesoljni potop, ter da bo Noe s svojo barko poskušal rešiti živali. Žal pa bo lahko na barko sprejel samo en par vsake vrste. Ker je njuno prijateljstvo in preživetje ogroženo, za pomoč prosita deklico Suzano, Noetovo nemirno vnukinjo, da bi ju na ladjo vtihotapila, vendar Suzani žal spodleti, Vili in Tom pa se ob začetku velikega potopa ločita. Po nizu nenavadnih dogodivščin, vključno z vkrcanjem na skrivno »miniaturno barko«, ki jo vodi ščurek Alfonzo, se Tomu in Viliju končno uspe ponovno združiti na veliki Noetovi barki, kjer pa se pravi izziv šele začne. Soočiti se morata z muhastim levom Branetom, ki je na ladji vzpostavil pravi režim tiranije in je naklonjen le močnejšim živalim, manjše in šibkejše pa zatira. Da bi vzpostavila mir in pravičnost na barki se morata Tom in Vili soočiti z levjo avtoriteto in pohlepom z edinim orožjem, ki ga premoreta – z glasbo.

Sporočilnost Noetove barke je strpnost, empatija in sprejemanje drugačnosti, saj se morata naša protagonista med potovanjem naučiti, da morajo šibki združiti moči v boju proti skupini močnejših. V boju z veliko močnejšim sovražnikom se morata Tom in Vili zanesti na nepričakovane zaveznike, kot so prijazen vendar nezanesljiv ščurek, rastafarijanski črv, najstniška bolha in ekscentrična muha.