Ustvarjalci akcijskih spektaklov Podli fantje, Armageddon in Transformerji predstavljajo nove zabavne avanture obešenjaških ninja želv Raphaela, Leonarda, Michelangela in Donatela, ki morajo znova reševati New York pred uničenjem. Njihov večni sovražnik Shredder je našel način, kako lahko ustvari lastne mutante, poleg tega pa se nad mesto zgrnejo uničujoči robotski Nezemljani. Dodatne težave povzročajo nesoglasja med želvjimi brati, saj bi se s pomočjo Shredderjevega seruma lahko spremenili v navadne ljudi. Na srečo se lahko zanesejo na modre nasvete podganjega učitelja Splinterja in pomoč zveste prijateljice April.

Vsem dobro poznani bratje, ki nosijo imena resničnih renesančnih umetnikov, so svojo filmsko renesanso doživeli leta 2014, sedaj pa so pripravljeni za novo poglavje … Zločin namreč nikoli ne počiva, zato bodo mutirani borci za pravico in nepoboljšljivi zabavljači ponovno stopili iz senc!

Tokrat bo nevarnost pretila iz vsepovsod! Stari sovražnik Shredder namreč želi ustvariti lastne mutante, zato najame znanstvenika Dr. Baxterja Stockmana. Ta Bepopa in Rocksteadyja zares spremeni, medtem pa skrivnosti serum, ki povzroča mutacije, ukrade mična novinarka April. Ko ga prinese Ninja želvam, Raphael, Leonardo, Michelangelo in Donatelo prvič pomislijo, da bi z njegovo pomočjo lahko prevzeli človeško obliko. Časa za premlevanje ideje ni na pretek, saj nova nevarnost že preži z neba v obliki sovražnih Nezemljanov, ki zavzamejo New York. Da bi ubranili svoje mesto, se bratom in njihovemu modremu mojstru Splinterju v boju pogumno pridružijo še njihovi človeški prijatelji April O'Neil, Vern Fenwick in novinec Casey Jones.