Sonic, Knuckles in Tails se ponovno združijo proti novemu močnemu nasprotniku po imenu Shadow, skrivnostnemu zlobnežu s povsem drugačnimi močmi, s katerimi so se soočili doslej. S svojimi izjemnimi sposobnostmi se mora ekipa spoprijateljiti s starimi nasprotniki v upanju, da bo ustavila Shadowa in zaščitila planet.