Potem ko se je ježek Sonic  skupaj s Tomom in Maddie ustalil v Green Hillsu, je pripravljen na malo več svobode. Tom in Maddie privolita, da ga pustita samega doma, medtem ko gresta na počitnice. In kmalu za tem, ko gresta na pot, se vrne dr. Robotnik, tokrat z novim partnerjem po imenu Knuckles, in iščeta smaragd, ki ima moč tako zgraditi kot uničiti civilizacije. Sonic, ki si nadvse želi dokazati, da ima vse, kar potrebuje, da postane pravi junak, združi svoje moči s partnerjem po imenu Tails in skupaj se odpravita na potovanje po svetu, da bi poiskala smaragd, še preden zaide v napačne roke.